Tercer Milenio es todo un referente de la divulgación científica en España, avalado por premios como: Premio CSIC de Periodismo Científico 1998 (en su modalidad de empresas de comunicación) a HERALDO DE ARAGÓN. Premio Especial del Jurado de los Prismas Casa de las Ciencias a la Divulgación 2002.  Prisma al Mejor Artículo Periodístico publicado en 2004. http://mc2coruna.org/prismas/palmares.html a ‘La voz única de los Stradivarius’, de María Ares.  Premio José María Savirón a la Divulgación Científica 2005 a Pilar Perla, coordinadora de Tercer Milenio. Prisma al Mejor Artículo Periodístico publicado en 2005, de la Casa de las Ciencias de La Coruña, a ‘Tsunamis, investigación después de la catástrofe’, de Luis de Luque.  Prisma al Mejor Artículo Periodístico publicado en 2009 al artículo ‘¿Cuántos años me echas? Las edades del hombre... y todo lo demás’, de Elena Sanz, Premio Especial del Jurado de Ciencia en Acción 2010.  Premio Tecnalia 2010 de Periodismo sobre Investigación e Innovación Tecnológica, modalidad medios escritos, por el artículo 'Bienvenidos a un jardín de ideas', firmado conjuntamente por Pilar Perla y Javier Mateos.  Premio ASEBIO/Genoma España 2012 de Comunicación y Divulgación de la Biotecnología al artículo 'Yacimientos biosintéticos. Hacia un mundo menos petroleoadicto', escrito por Marta Iturrate.  Premio X Aniversario del Instituto Roche  de Periodismo en Medicina Personalizada 2014 al artículo 'Los tumores de Darwin. Viaje alucinante al fondo de un tumor', de Jesús Méndez.